در سال ۱۳۹۴ش، مجموعه آثار و دروس استاد محمدی خراسانی که حاوی متن ۱۲ عنوان کتاب در ۳۹ جلد از تألیفات و دیگر آثار مرتبط است در موضوعات: اصول فقه، فقه استدلالی، فقه فتوایی، منطق، عقاید و… توسط مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی منتشر شده است؛ آثاری همچون:

1. منهاج الأصول؛
2. شرح کفایه الأصول؛
3. شرح مکاسب؛
4. شرح تبصره علامه حلّی؛
5. کوثر فقه (شرح تحریر الوسیله)؛
6. شرح منطق مظفر.

همچنین در این نرم‌افزار دسترسی به دروس صوتی استاد فراهم شده است:

1. باب حادی عشر؛
2. منطق مظفر؛
3. معالم الأصول؛
4. أصول الاستنباط (حیدری)؛
5. اصول فقه مظفر (جلد ۱ و ۲)؛
6. کفایه الأصول (جلد ۱ و ۲)؛
7. رسائل (مباحث استصحاب، برائت، قطع و ظن)؛
8. مکاسب (مباحث مکاسب محرمه و خیارات)؛
9. لمعه (الروضه البهیه، ۲۸ باب)